Frischenschlager startete seine politische Laufbahn 1977 als Nationalratsabgeordneter der FPÖ, während der SPÖ-FPÖ Koalition war er von 1983 – 1986 Verteidigungsminister. 1985 begrüßte er als Verteidigungsminister den verurteilten NS-Kriegsverbrecher Walter Reder bei dessen Rückkehr nach Österreich per Handschlag, was einen politischen Skandal auslöste. Frischenschlage bedauerte später seine “mangelnde Sensibilität“. 1986 bis 1990 war er Klubobmann der FPÖ.
1993 trat er aus der FPÖ aus, wurde zum Mitbegründer des Liberalen Forums und war dort stellvertretender Bundessprecher und bis 1996 Klubobmann. 1996 – 1999 war Frischenschlager Abgeordneter zum Europäischen Parlament. 2000 – 2001 war Frischenschlager Vorsitzender des Liberalen Forum.
Nach der parteipolitischen Laufbahn arbeitete Frischenschlager für die OSZE im Kosovo, ist seit 2006 organisatorischer Leiter des Balkan-Lehrgangs der Universität Wien und seit 2007 Vorsitzender der Österreichischen Union Europäischer Föderalisten.
Seit 2012 arbeitete er mit der damaligen Vorsitzenden Angelika Mlinar an der Revitalisierung des Liberalen Forum.